Bescherming van het ecosysteem is voor illycaffè een integraal onderdeel van duurzame excellentie. Het bedrijf stimuleert en ontwikkelt niet alleen milieuvriendelijke teeltmethoden op de plantages, maar werkt er ook hard aan om het effect van het productieproces op het ecosysteem te beperken. Deze taak begint in de producerende landen, na de oogst van de koffie. Hier worden door middel van bezoeken van de eigen agronomen, de lessen van de Università del caffè en de verspreiding van het ‘Handboek van de beste teeltpraktijken’ agronomische technieken gepromoot die een gering effect hebben op het milieu. Denk hierbij aan beperking van het gebruik van water voor het wassen van de koffie, de beste systemen voor het verwerken van afvalwater, het planten van inheemse bomen om schaduw te creëren voor de koffieplanten en beperkt gebruik van synthetische producten.
In Triëst, waar de beste Arabica koffiebonen ter wereld worden getransformeerd tot de weergaloze illy melange, heeft het bedrijf aanzienlijk geïnvesteerd om het milieueffect van de bewerking te minimaliseren. Zo garanderen we dat de uitstoot van de brandingsfabriek in de atmosfeer minder is dan 1/20ste van de wettelijke limieten. Bovendien is onlangs een project voltooid voor het terugwinnen van warmte die zich ontwikkelt tijdens de branding. Met deze warmte wordt water verwarmd dat bestemd is voor de verwarmingsinstallatie van het bedrijf.
Aan het milieubeleid van illycaffè zijn belangrijke erkenningen en certificaten toegekend.
In Brazilië ondersteunt illycaffè de activiteiten van Instituto Terra, een non-profitorganisatie die is opgericht door Sebastião en Leila Salgado om het bos Mata Atlantica, - een van de vijf belangrijkste ecosystemen ter wereld - te verbeteren, beschermen en behouden.
In 2008 is een handboek opgesteld met best practices van koffiebedrijven die zich richten op het herstel en optimale beheer van de reservaten van het Mata Atlantica. Dit handboek is verspreid onder koffietelers, universiteiten en onderzoekscentra.
Vervolgens zijn proefterreinen aangelegd in vier gebieden van het land om de ontwikkeling van inheemse bomen te testen.